Sua paixão, entretanto, aquilo que constituiu sua razão de ser, era a terra e a gente do Brasil.
Os estudos brasileiros tiveram de Bernardino de Souza uma contribuição rara, sobretudo se considerarmos que ele foi também homem de ação. Não poderia viver confinado exclusivamente nos trabalhos intelectuais alguém dotado de tanta energia, de vontade tão decidida para execução dos seus ideais. Ele que não foi só homem de ideias, mas sobretudo de ideais.
Muito jovem ainda, iniciou campanha pela carta geográfica da Bahia. Devotado ao Instituto Histórico e Geográfico da Bahia, promoveu a construção, no bairro da Lapinha, de um pavilhão onde hoje se conservam ainda as figuras lendárias das pugnas da independência em 1823. Dessa primeira experiência vieram-lhe forças para as maiores realizações materiais: os edifícios do Instituto Histórico e da Faculdade de Direito, entidades sem patrimônio e que ele, quase só, conseguiu enriquecer, dotando-os, com subscrições públicas, dos prédios magníficos em que estão instalados. Foram dois movimentos que em 1923 e 1932 consagraram um Bernardino de Souza homem de ação benemérita; capaz de vencer as resistências do meio, a incompreensão de muitos, tangenciando até pela difamação. Não foram simples trabalhos de organização e direção. Bernardino de Souza, acompanhado de sua família, percorreu o interior da Bahia angariando donativos. A senhora e as filhas, em números de arte, ele e os universitários, que o acompanhavam em discursos e recitativos, compunham espetáculos cuja renda revertia em benefício daqueles empreendimentos.
A "Casa da Bahia" e a Faculdade de Direito são obras definitivas que, ainda hoje, trinta e vinte anos decorridos de suas inaugurações, constituem dos maiores e mais belos edifícios da velha capital.
Traçando o panegírico de Bernardino de Souza, disse o desembargador Adalício Nogueira: "A "Casa da Bahia" é a sua estátua viva, a personificação da sua vontade e da sua força, a cristalização da sua energia miraculosa".
Um homem que realizou obras materiais desse porte, com essa energia física e moral, o admirável é que tenha tido a contensão e recolhimento necessários aos profundos estudos que por igual executou.
Os seus trabalhos, como já foi dito, refletem todos o gosto e o amor pela terra. De Geografia e História do Brasil são os seus diversos estudos publicados em volume. Teses aos Congressos Brasileiros de Geografia são Limites do Brasil (Bahia, 1911).
A Ciência Geográfica, seus conceitos e suas divisões (Bahia, 1913); trabalhos geográficos são ainda a Corografia de Piauí, (Parnaíba — 1913); Por Mares e Terras (Bahia, 1913) e muito de geografia contém o Elogio do Barão do Rio Branco (Bahia, 1912) pronunciado em sessão solene do Instituto Histórico e Geográfico da Bahia.