estudo dos recifes litorâneos, principalmente nas vizinhanças de Porto Seguro, Bahia.
1866 — julho — partida do Rio de Janeiro, de regresso aos Estados Unidos.
1866(?) — diretor do departamento científico da "Pelham Priory".
1867 — Viagem ao Brasil, à própria custa; exploração do Nordeste da Bahia, do arquipélago dos Abrolhos e das províncias do Norte.
1868 — professor de História Natural em "Vassar College".
1868 — membro da "American Geographical Soc."
1868 — professor de Geologia e Geografia Física da Universidade de Cornell, Ithaca, NY, EUA.
1869 — casamento com Lucy Cornelia Lynde, da cidade de Bufalo, NY, EUA.
1869 — secretário geral da "American Associaton for the Advancement of Science".
1870 — publicação da obra Geology and Physical Geography of Brasil, para satisfazer ao pedido de Luiz Agassiz para que publicasse um relatório dos seus trabalhos como geólogo da "Expedição Thayer"; a obra representa grande ampliação do primitivo plano, contendo também os trabalhos pessoais da viagem de 1867 e um apanhado dos conhecimentos anteriores de todos os autores que trataram da geologia do Brasil.
1870 — "Expedição Morgan", em companhia do Prof. Prentiss e 18 estudantes da Universidade de Cornell: litoral do nordeste do Brasil, Baixo Tocantins, camadas carboníferas do Baixo Tapajós, terrenos devonianos de Ercrê (Monte Alegre).
1871 — Nova viagem ao Amazonas (2ª Expedição Morgan), em companhia apenas de seu discípulo Orville Adalbert Derby.
1872 — janeiro — regresso aos Estados Unidos.
1872 a 1874 — professor de Geologia Geral, Agrícola e Econômica na Universidade de Cornell. Aulas sobre material colhido no Brasil;