Da tese que apresentou ao 1.° Congresso Brasileiro de Geografia: Nomenclatura Geográfica Peculiar ao Brasil (1.ª edição, Bahia, 1910, 2.ª edição, Bahia, 1912) originou-se um de seus livros mais notáveis. Em terceira edição, chamou-se Onomástica Geral da Geografia Brasileira (Bahia, 1927). Ao escrever-lhe o prefácio, disse Afrânio Peixoto: "podendo dar-se ao luxo de um novo nome, como os heróis que os títulos nobiliárquicos transfiguram", em novo prefácio à 4.ª edição propõe o título definitivo Dicionário da Terra e da Gente do Brasil (São Paulo, 1939).

É ainda Afrânio quem melhor define o livro: "Neste, de geografia, vai uma grande história. De geografia sim, com efeito, mas no seu mais amplo sentido, desde a expressão física até a aplicação humana."

Bernardino de Souza foi realmente, antes de tudo, um geógrafo. Nele os estudos de história eram continuação e aprofundamento da ciência da terra.

Apaixonado, desde cedo, pela geografia, participou com brilho excepcional de todos os Congressos Nacionais da especialidade.

Ao primeiro Congresso, reunido em 1909 no Rio de Janeiro, apresentou uma memória em que definia sua orientação na disciplina: "A remodelação do Ensino da Geografia é uma necessidade inadiável, tendo como base a criação de uma cadeira de Geografia Física." Nesse, como em outros trabalhos, não se conformava com o estudo meramente descritivo, demonstrando a necessidade de que a Geografia fosse algo de vivo, de humano, preconizando a chamada "Geografia militante", integrada nas ciências sociais. Era a sua maneira de racionalizar o profundo amor à terra e à nossa terra. Sua posição como estudioso completava as exaltações de um patriotismo nele tão orgânico e insopitável, que, não raro, chegava à aspereza.

Daí, sua frase definidora: "O conhecimento exato da nossa pátria é dever ditado pelo elevado sentimento de patriotismo."

O último movimento de que participou, com a intensidade de sempre, foi o da Comissão Organizadora Central do IX Congresso Brasileiro de Geografia, por ele presidida, e que se realizou em Florianópolis em 1940. Nos dois anos anteriores e nos dois posteriores, ao organizar os respectivos anais, sua atividade relembrava as famosas campanhas da Bahia.

Sem instalação própria, sem auxiliares, desamparado e só, era de vê-lo quase diariamente nas filas do Banco do Brasil recebendo contribuições, nas do Correio Geral expedindo correspondência, na Imprensa Nacional buscando e revendo provas. E naqueles anos terríveis da Guerra Mundial, sem as facilidades do automóvel, fazia tudo isso a pé, com dores nas pernas, primeiros sinais da moléstia que o vitimou, andando lentamente, mas sem pedir auxílio a ninguém.

E naqueles mesmos dias, sua previsão sobre o desfecho do conflito ainda era de geógrafo. Conhecia e analisava tão bem os recursos humanos distribuídos pelo universo, que, naquele aziago junho de 1940, vaticinara com absoluta segurança a derrota do nazismo.