As aldeias deviam compor-se de cem casais pelo menos, em uma légua de terra em quadra, do domínio privado das aldeias situadas à vontade dos índios, com aprovação da junta das missões. Essas aldeias estavam sob a direção de missionários e de um administrador e eram regidas e governadas pelo capitão general, pelo ouvidor e pela câmara.
Essa abundância de administradores e diretores só trazia confusão e prejuízo para os aldeados. (Arouche. R. H. I. B.).
Havia, então, a aldeia de São Miguel, sob a direção dos Capuchos; a dos Pinheiros, sob a dos beneditinos; a da Barueri sob a dos Carmelitas e outras.
Essas tinham sido fundadas antes desse regime e não eram mais do que viveiros de trabalhadores para as obras públicas, estradas, fortificações, transporte de bagagem, recados, etc.
Nelas havia sempre poucos índios; uns eram levados para as minas pelos governadores quando passavam por São Paulo; outros as abandonavam, preferindo viver nas povoações ao acaso da sorte, desmoralizados e preguiçosos, ou nas matas, para onde fugiam, desquitando-se de uma