ali deixando sua legítima esposa e que era parente do padre Paiva.
Na vila de Santo André, exerceu os cargos de capitão, alcaide-mor e vereador, entre 1553 e 1558. Em 1560, por ordem do governador-geral Mem de Sá e devido à representação dos seus moradores, aplaudida pelos jesuítas, o foro dessa vila passou para a casa dos padres de São Paulo de Piratininga.
Ainda em 1562, por ocasião do assalto dessa povoação pelos tamoios confederados, João Ramalho aí permanecia e foi eleito capitão, para que a defendesse com sua rude e velha experiência. Terminado, porém, o mandato, remoendo-lhe o eclipse da sua antiga soberania naquelas paragens, resolveu exilar-se para o vale do Paraíba, fixando-se entre os tupiniquins contrários.
Em 1564 excusou aceitar o cargo de vereador da vila, alegando passar dos setenta anos e se sentir bem, no seu voluntário degredo.
Alguns historiadores, tirando ilações duma carta do padre Balthazar Fernandes, datada de 1568, querem que João Ramalho tenha falecido em meio desses indígenas, pouco depois dessa data.
Frei Gaspar da Madre de Deus e com ele outros, com mais acerto, asseguram que João Ramalho fez testamento em Piratininga, em 1582 e faleceu pouco depois desse ano, provavelmente aconchegado aos seus descendentes mais próximos.
Um manuscrito da Biblioteca Nacional, intitulado "Papéis relativos ao casamento do desembargador Manuel