Daí o zelo com que o solícito Conselho Municipal tratou de construir, conservar, reparar e melhorar as fortificações, como provam constantes passagens de suas Atas.(29) Nota do Autor
Apesar das gestões pacificadoras dos Jesuítas, que logo captaram a confiança de várias tribos vizinhas, não escapou São Paulo às incursões guerreiras dos índios, que começaram com o assédio empreendido pelas hostes coligadas de Guaianás, Carijós e Tamoios (1562).
Nessa emergência, provou a cidadela paulistana sua inexpugnabilidade, resistindo ao assalto, em dura refrega, na qual os Guaianás aliados formaram o grosso da tropa defensiva, sob a chefia de Tibiriçá. Depois disso, viveram os moradores de São Paulo, por vários anos, sem o sobressalto de novos ataques. Só em 1593, soou novo rebate de guerra, com a notícia da presença de hordas inimigas nas cercanias de Piratininga. Pouco a pouco, entretanto, ia refluindo para o sertão distante a indiada rebelde, fustigada pelas campanhas preventivas, que empreenderam os Capitães-Mores de São Vicente, sob a instigação dos camaristas de São Paulo. Desde 1596, não mais se registrou a presença de tribos hostis, a cujo alcance ficasse a vila.
Firmou-se, pois, o núcleo de povoamento iniciado pelos Jesuítas, vindo a consolidar-se progressivamente, sob a tutela moral e religiosa dos padres e sob a proteção do poder civil organizado.
Em contato com uma natureza virgem, tão diversa da que conheciam no Velho mundo, e por mais que procurassem adaptar seus usos e costumes ao novo ambiente, não conseguiram os colonizadores fugir às contingências mesológicas, acentuadas pelo isolamento decorrente da situação geográfica em que se achavam. Assim, de início e por muito tempo, a existência do pequeno grupo humano foi necessariamente simples e rude, sendo condicionada pelas influências poderosas e peculiares do meio físico, que lhe impunha padrões de vida mais ou menos distanciados dos "costumes, técnicas ou tradições vindas da Metrópole".(30) Nota do Autor
Ficou a vida da vila Planaltina constringida por essas condições geográficas, das quais derivou o caráter até certo ponto autárquico de suas atividades econômicas.