ao princípio, da sesmaria de Pedro de Góis, haviam sido repartidas pelo segundo Locotenente do Donatário, Antônio de Oliveira, que deu as de leste do ribeiro àqueles sócios e as de oeste a André Botelho, doando também ao ferreiro da armada do Donatário Martim Afonso, que era o Mestre Bartolomeu Gonçalves, o outeiro mais próximo da barra e que depois se chamou de Santa Catarina. O Capitão Braz Cubas, que construíra o primeiro monjolo em seu sítio, pôs-se a derrubar as matas virgens e levantar casas para a sua vila. Verificando que, dia a dia, pioravam as condições do porto de São Vicente, ao sul, e que as embarcações de Bertioga e da Ilha do Sol (mais tarde Santo Amaro), aportavam ao seu local por ser melhor e mais seguro de ventos, renovou o caminho para São Vicente, aberto em trilho por Domingos Pires, por detrás do Monte Serrate, a fim de encurtar viagem. Acontece que as embarcações e navios traziam marinheiros doentes; e ele, que batizara o seu arraial com o nome de Porto, em 1543, como sendo o porto de São Vicente, lembrou-se de levantar uma Casa de Misericórdia para os pobres nautas desamparados. Organizou, então, a primeira confraria do Brasil, com o nome de Todos os Santos. E à medida que as enxurradas dificultavam, com o atravancamento que conduziam, a entrada do Tumiaru, e as embarcações estrangeiras e o próprio comércio de Santo André da Borda do Campo procuravam o seu porto, melhor e mais próximo, foi a povoação crescendo com os dois nomes: Porto de Santos. Quando Braz Cubas, comprada a outra parte das terras de Pascoal Fernandes Genovez, galgou o posto de Capitão-Mor Locotenente do Donatário Martim Afonso, tratou de conceder os foros de vila, em 1545, ao arraial que tanto se desenvolvia para os lados da Serra Paranapiacaba, através do ribeiro São Jerônimo.