Subitamente tinham aparecido no porto duas naus chegadas de Lisboa com resposta das notícias que logo ao tocar no Brasil Martim Afonso enviara a el-Rei. Recomendava D. João III, na carta de fins de 1532, muito cuidado com a esquadra sob seu comando à vista do custo "que com ella se fez e faz". Deixava ao critério do capitão-mor abreviar ou prolongar a estada na América, "pela confiança que tinha", e, ajuntava coisa mais interessante, apesar de que o fidalgo estivesse, como os demais, de olhos tão só voltados para o tráfico da Índia dadivoso de fama e dinheiro, de que fora resolvida a divisão do Brasil em capitanias hereditárias. Em consequência, "antes de se dar a nenhuma pessoa, mandei apartar para vós cem legoas e pera Pero Lopes, vosso irmão, cincoenta, nos melhores limites dessa costa". Avisava ainda que na Andaluzia tinha sido aprisionada uma nau francesa - La Pèlerine, de que tratamos no capítulo dos franceses - cuja tripulação, antes de carregá-la de pau-brasil, destruíra a feitoria de Pero Capico em Pernambuco. Julgara el-Rei de bom aviso prevenir o capitão-mor a fim "de terdes tal vigia nessas partes por onde estaes, que não possa acontecer nehum mau recado".

O primeiro a partir de São Vicente rumo à Europa foi Pero Lopes, que ao chegar à altura da ilha de Santo Aleixo, em Pernambuco, sustentou combate com duas naus francesas, de que uma trazia armas e munições para a feitoria também conquistada por Pero Lopes na mesma ocasião. Na monção de março de 1503 partiu por sua vez Martim Afonso. Deixava alguns homens de armas e artífices em Piratininga e São Vicente para completarem as medidas que tomara ao fundar aqueles dois povoados. Deviam eles desenvolver-se independentemente,