Manoel Limpo, que então servia no regimento do Porto, foi também processado e depois condenado a três meses de reclusão e penitenciado com quatro anos de degredo para outra cidade. Finda a reclusão, dirigiu ele um requerimento à Mesa do Santo Ofício de Lisboa, para cumprir a penitência na capital do reino, ao que ela anuiu prontamente. Naquela cidade pôde concluir os seus estudos e sob os auspícios de seu concunhado, o almirante Joaquim Monteiro Torres, depois Barão do Porto Santo e ministro da marinha de D. João VI, conseguiu algum tempo depois ingressar no magistério naval, em que foi professor de matemáticas da Academia Real de Marinha e diretor do Observatório Astronômico da mesma corporação.

Grande foi o brilho que deu a estes dous cargos. Na direção dos mesmos, publicou, entre outros, os seguintes trabalhos: "Noções de Manobra de Navios", "Principios de Tatica Naval" (publicado por ordem da Academia