Recrudesceu, em 1688, a epidemia da "bicha". A frota nesse ano chegada perdeu muita gente. Faleceram dous desembargadores, outras pessoas de prol, e por fim - depois de uma longa agonia - o governador, mas não antes de se inteirar de um motim de soldados que quase abrasou a cidade.

O excessivo atraso dos soldos, o terror causado pela peste, a notícia de estar a morrer Matias da Cunha, com a consequente ausência de autoridade, propiciaram a revolta da tropa, "menos os Cabos e oficiais maiores". Cercaram os rebeldes a "casa da Pólvora", e intimaram a Câmara a satisfazer-lhes as dívidas, sem o que poriam a saque a Praça.(2) Nota do Autor Chegaram a interceptar os caminhos, roubar os transeuntes e aterrorizar o povo. Mas a Câmara reuniu apressadamente o numerário preciso,(3) Nota do Autor e conseguiu o arcebispo D. fr. Manuel da Ressurreição (chegara em 13 de maio de 1688) com outros homens influentes aquieta-los, evitando as depredações prometidas. Exigiram mais os amotinados: que se lhes desse prévio perdão assinado por Matias da Cunha, agonizante, e pelo arcebispo. O Governador assinou o papel e expirou em seguida.

Era em 24 de outubro. Convocara ele os vereadores, a nobreza e os oficiais para, em Palácio, decidirem sobre a sua sucessão. Entre os rumores da sedição e a tristeza do luto geral, concordaram no nome do prelado,(4) Nota do Autor ficando os assuntos da justiça com o chanceler da Relação Manuel Carneiro de Sá. Anunciada a morte do governador volveu a paz à cidade. Os amotinados