Como perdera um braço na guerra, acharam que seria um bom administrador, dizia alguém maliciosamente. Quando Tovar chegou a Santa Catarina, reinava a maior indisciplina no seio da milícia, corporação de que até aí só se lembravam para obter dinheiro com a venda de patentes e concessão de licenças. Logo de inicio, o novo governador infligiu aos recalcitrantes penas severíssimas e até ilegais, levantando queixas contra si; mas, conseguiu restabelecer a disciplina e formar na província quatro mil milicianos decentemente fardados e admiravelmente exercitados.

Sem dúvida, Tovar dava grande importância a tudo que concernia às coisas militares. Sob o domínio português, o cargo de governador de uma província ou capitania investia um mesmo indivíduo de autoridade simultaneamente militar e civil. Entretanto, como as atribuições de governador, na qualidade de chefe de tropas regulares e da miícia, tinham, as mais das vezes, menos importância que as que lhe conferiam como administrador, seria mais lógico e mais necessário que ele tivesse maiores conhecimentos da administração que da arte da guerra. Mas, sempre acontecia o contrário. Em geral, à frente das capitanias colocavam militares que geriam os negócios públicos com esse espírito absoluto e essa decisão adquiridos por hábito