1763, e tendo feito sua educação primária na mesma vila e a secundária em São Paulo, sob as vistas de Frei Manuel da Resurreição, seguiu para a Europa, em 1783, a fim de fazer seus estudos na Universidade de Coimbra, em Portugal.

Efetivamente, matriculando-se na Faculdade de Direito e na de Filosofia Natural, diplomou-se após um curso brilhantíssimo; e, comprovados os seus talentos, foi logo admitido, por proposta do Duque de Lafões, D. João Carlos de Bragança, sócio da Academia de Ciências de Lisboa, sendo dentro em pouco seu secretário, tais o mérito e o zelo que revelara.

Viajou pela Europa, em comissão do governo, durante dez anos, aperfeiçoando, em vários meios intelectuais, sob a direção dos maiores sábios, os seus conhecimentos de naturalista e mineralogista.

Foi discípulo de Lavoisier, Chaptal, Fourcroy, Jussieu, Haüy, em França; e na Alemanha, de Werner, Lempe, Kholler, Freisleben e Lampadius.

A Sociedade Filomática, a dos Naturalistas, em Paris; a Lineana, de Iena; a dos Investigadores da Natureza, de Berlim; a Academia Real de Estocolmo, a de Copenhague e muitos outros institutos o chamaram a seu seio.(1) Nota do Autor

Recusou José Bonifácio, em países estrangeiros, cargos como o de inspetor das minas da Suécia, que lhe foi oferecido pelo Rei. Em Portugal, foi incumbido de criar a cadeira de mineralogia na Universidade de Coimbra, nomeado intendente geral das minas e metais do Reino,