"Havia se resolvido que um brasileiro fosse nomeado ajudante do ministro assistente ao despacho, e que só depois de dar provas de sua fidelidade no exercício deste novo emprego fosse elevado a ministro de Estado em uma das repartições para a qual se mostrasse mais habilitado.

Thomaz Antonio escolheu para seu ajudante a José Bonifácio de Andrada e Silva, que se achava então, em Coimbra, para onde expediu ordem (sem dizer para quê) que fosse José Bonifácio enviado ao Rio de Janeiro. A regência de Portugal não obedeceu a esta ordem; representou e fundava a sua representação no perigo que lhe parecia devia correr a paz pública se José Bonifácio voltasse ao Brasil. Era tradição antiga, que datava de Martinho de Mello, Ministro da Marinha e Ultramar no reinado de D. Maria I, que a tinha calado no ânimo dos homens de Estado de Portugal.

Martinho de Mello não consentiu que José Bonifácio voltasse ao Brasil senão depois de acabar os seus estudos em Coimbra, receoso de que fosse fazer uma revolução, e o mandou viajar e estudar à custa do Estado. A regência obedeceu à segunda ordem que foi expedida em termos terminantes, e José Bonifácio chegou ao Brasil em 1819.

José Bonifácio era particular amigo de Thomaz Antonio, e foi por este recebido e agasalhado. O rei também o recebeu com demonstrações de estima; mas José Bonifácio não aceitou o emprego de ajudante do ministro assistente ao despacho, e declarou terminantemente que não aceitaria nenhum outro.