João VI. Diversa parecia a atitude das duas coroas, se bem, mais tarde, atribuísse o cientista o incidente à sua própria sofreguidão. Em todo caso, eram muito mais superciliosos para com estrangeiros os portugueses do que os espanhóis. A investida de Junot, porém, rompeu as barreiras levantadas pelo antigo regime dos dois lados do oceano. Abriram-se de par em par as portas do Brasil, medida tornada inevitável com a chegada da corte e pôde a missão de von Martius visitar a antiga colônia em condições ainda mais favoráveis que as do seu ilustre predecessor na América Central. Ia realizá-la sob a égide de quatro governos - da Baviera, Áustria, Toscana e Portugal - acordes em lhe bafejar as pesquisas científicas em nome do progresso.

O interesse de europeus pela região há tanto tempo objeto de curiosidade, contagiara o rei Maximiliano I da Baviera, como a muitos cultores da lenda do El-Dorado. Sequioso o monarca em conhecer melhor a América do Sul, acertou com o governo austríaco missão conjunta ao Brasil, onde a corte bragantina oferecia boa acolhida a expedicionários. O acordo realizou-se durante a estada do rei em Viena para assistir às bodas da arquiduquesa Leopoldina com D. Pedro. Os sábios escolhidos na ocasião a fim de tomar parte na empresa, provinham de institutos científicos de Munique, Viena, Praga e Florença. Os artistas que deviam ilustrar a parte "histórica" ou documental da viagem, seriam de Viena, oferecendo ainda, o governo austríaco, acomodações nas naves de guerra "Augusta" e "Áustria", juntamente com a princesa herdeira e os diplomatas enviados à corte do Rio de Janeiro.

A chefia da expedição científica coube ao bávaro Filipe von Martius, jovem, porém já conhecido botânico, que, entusiasmado pelo cometimento, ia daí por diante dedicar o melhor de sua vida à flora brasileira. Na hora do régio matrimônio, reinava cordialidade entre os governos interessados na expedição, porfiando entre si em auxiliar os expedicionários, e, a despeito da proverbial lentidão atribuída à administração austríaca, rapidamente organizou-se a viagem, com luxo de pertences que se verificaram até excessivos no correr da expedição. Antes, porém, teve Martius oportunidade de se avistar em Viena com o velho pintor Ferdinand Bauer, que ilustrara a viagem à Austrália de Mathew Flinders que escalara no Brasil. É possível, mesmo provável, que em 1804 este artista desenhasse vistas do Rio de Janeiro, hoje ocultas com muitas outras em algum arquivo