Sousa Coutinho, irmão do Ministro de D. João VI. Muito diferente parecia a atitude das duas coroas, se bem, mais tarde, atribuísse o cientista o incidente a sua própria sofreguidão. Em todo caso, eram muito mais superciliosos para com estrangeiros portugueses do que espanhóis. A investida de Junot, porém, rompeu as barreiras levantadas pelo antigo regime dos dois lados do oceano. Abriram-se de par em par as portas do Brasil, medida tornada inevitável com a chegada da corte, e pôde a missão de von Martius visitar a antiga colônia em condições ainda mais favoráveis que as do seu ilustre predecessor na América Central. Ia realizá-la sob a égide de três governos - da Baviera, da Áustria e de Portugal - acordes em lhe bafejar as pesquisas científicas em nome do Progresso.

O interesse de europeus pela região há tanto tempo objeto de curiosidade contagiara o Rei Maximiliano I da Baviera como a muitos cultores da lenda do Eldorado. Sequioso o monarca em conhecer melhor a América do Sul, acertou com o governo austríaco missão conjunta ao Brasil, onde a corte bragantina oferecia boa acolhida, a expedicionários. O acordo realizou-se durante a estada do Rei em Viena para assistir às bodas da Arquiduquesa Leopoldina com D. Pedro. Os sábios escolhidos na ocasião a fim de tomar parte na empresa, provinham de Institutos científicos de Munique, Viena, Praga e Florença. Os artistas que deviam ilustrar a parte "histórica" ou documental da viagem, seriam de Viena, oferecendo ainda, o governo austríaco, acomodações nas naves de guerra "Augusta" e "Áustria", juntamente com os diplomatas enviados à corte do Rio de Janeiro.

A chefia da expedição científica coube ao bávaro Filipe von Martius, jovem, porém já conhecido botânico, que, entusiasmado pelo cometimento, ia daí por diante dedicar o melhor de sua vida à flora brasileira. Na hora do régio matrimônio, reinava cordialidade entre os governos interessados na expedição, porfiando entre si os escaninhos oficiais em auxiliar os expedicionários, e, a despeito da proverbial lentidão atribuída à administração austríaca,