Rodrigo Cesar julgava que o posto de capitão-general lhe dava o direito não só de fazer justiça, como de advertir e castigar os que a não administrassem; entendia que, superior a todas as justiças e milícias, podia reger e governar os vassalos no Brasil com a mesma amplitude de que dispunha o príncipe no Reino; que, como loco-tenente do príncipe, podia avocar qualquer feito judicial e tomar conhecimento dele, ficando assim suspensa a jurisdição da magistratura.

Por sua vez os ouvidores se supunham completamente independentes da autoridade administrativa.

Nisso estava a origem de frequentes conflitos entre os dois poderes que se enfraqueciam e se desmoralizavam.

Após o trágico incidente dos Lemes, entrou o governador em luta com Godinho Manso, de quem queria até saber por que desprezara a beca e andava em corpo, de bastão e espada!

As câmaras municipais de Santos, Taubaté e Mogi nesse conflito tomaram o partido do governador, chegando esta última a pedir que o ouvidor fosse deposto.