Por parte dos Cesar distinguiram-se o arcebispo de Lisboa D. Sebastião Cesar de Menezes e frei Diogo Cesar de Menezes, provincial dos Franciscanos no Algarve; aquele, dissimulado e hipócrita, este, irritável e violento, ambos cheios de talento, irmãos do bisavô do novo governador. Essas duas faces do caráter daqueles religiosos se reuniam, sem os talentos, em Rodrigo Cesar.

Rodrigo Cesar de Menezes era filho segundo de Luiz Cesar de Menezes, que fora governador do Rio de Janeiro, de Angola e depois governador geral do Brasil, donde saiu em 1710.

A sua família materna era Lencastre, que procedia de D. Jorge, filho natural de D. João II; por essa bastardia Rodrigo Cesar era aparentado com a casa real de Portugal.

Seu irmão mais velho, Vasco Fernandes Cesar de Menezes, primeiro conde de Sabugosa, herdeiro da casa, vice-reinava no Brasil, desde 23 de novembro de 1720, ao tempo em que ele fora nomeado governador de São Paulo.

Rodrigo Cesar estudou em Coimbra; logo, porém, trocou a carreira literária pela vida militar, tendo sido nomeado brigadeiro de um dos regimentos de infantaria da corte.