Mas, extinto no exílio o pretendente, aceitara, com igual correção, o serviço de Felipe II.
Diz frei Vicente do Salvador que, mal chegou à Bahia, mandou tirar o pelourinho da frente do Palácio, "lembrando-se que estivera já ao pé de outro para ser degolado por seguir as partes do senhor D. Antonio, culpa que Sua Majestade lhe perdoou, por casar com uma irmã de Pedro Alvares Pereira, que era secretário na corte..."(1) Nota do Autor
O indulto aproveitara a um homem de visão larga e belo espírito.
À maneira de D. Francisco de Souza trouxera vários sujeitos que muito o auxiliariam. O principal foi Diogo de Campos Moreno, antigo soldado em Flandres, terceiro sargento-mor que teve o Brasil, destinado a ilustrar-se na retomada do Maranhão aos franceses. Um sobrinho e o genro honram-lhe a memória: Martim Soares Moreno, patriarca da civilização no Ceará e Pedro Teixeira, conquistador do Amazonas. Pedro Orecha, biscainho, "veio com o governador Diogo Botelho do reino no ano de 1602, trazendo duas naus a seu cargo de biscainhos"(2) Nota do Autor: ensinou aos portugueses a pescaria da baleia.
De Pernambuco, mandou o governador criar na Paraíba "três doutrinas de petiguares", por franciscanos,