Trouxera Gaspar de Sousa algum armamento consigo do reino quando iniciara a campanha do Maranhão, mas já se encontrava disperso e em grande parte inutilizado quando Diogo de Mendonça aportou à colônia. O mesmo sucedeu às armas que em pequena quantidade aqui chegaram depois da expulsão dos franceses. Nessas condições, o novo Governador estava disposto a tentar o impossível para melhorá-las, escrevendo a respeito Fr. Vicente, não sem ponta de azedume contra o infeliz magistrado, "em 12 de Outubro de 1621, a uma terça-feira, que o vulgo tem por dia aziago e desembarcando foi levado a Sé com acompanhamento solene e daí a sua casa, donde antes de subir a escada foi ver o armazém das armas e pólvora que estava na sua loja (andar inferior), demonstração de se prezar mais de soldado e capitão que de outra cousa". Ajuntava o cronista com desalento, que em tempos como aquele eram sempre "as partes transmarinas" que pagavam pelas ocorrências. A visita ao depósito bélico antes mesmo de desenjoar da viagem, assumia, destarte, acentuada significação.

Na Bahia encontrou-se com o antecessor, com quem trocou manifestações de cordialidade tanto no privado como nas igrejas, enquanto aprestavam o "Manja Léguas", crismado com a designação por ser bom navio de vela. Deixava D. Luís saudades pelo modo como se houvera no cargo, evitando molestar a quem quer que fosse, tanto por atos como palavras, "e foi muito rico", diz Fr. Vicente, "sem tomar do alheio, senão do grande cabedal que trouxe seu e retorno que sempre lhe vinha, antes fez alguns empréstimos que lhe ficaram devendo, os quais não sei depois como lhe pagariam". Não cabe dúvidas que se não foram pagos antes da invasão, é provável que por muito tempo os esperaria.

Na cidade do Salvador deitava Diogo de Mendonça mãos à obra. "Fortificou a cidade", diz Fr. Vicente, "cercando-a