pela parte de terra de vala de torreões e, porque a casa que servia de armazém, junto da alfândega, estava caída, começou a fazer outra no cabo da sua, para que o alto lhe ficasse servindo de galeria e o baixo de armazém", acúmulo de funções que para muitos pareceu desrazoada, "por não ser boa tanta vizinhança com a pólvora". Fortificações sem artilharia, nem profissionais bem armados pouco adiantavam, manteve-se, porém, Diogo no propósito com o conhecimento que ia adquirindo da praça. Tratou igualmente de elevar a fortaleza do porto, chamada forte do Mar, aproveitando a provisão del-Rei, "não só da imposição dos vinhos, que estava posta nesta Bahia mas também na de Pernambuco e Rio de Janeiro e que do dinheiro que recebem os mestres, não dos fretes, senão de outro que eles introduziram chamado de avarias, duas patacas por caixa, desse quatro vinténs cada um para a obra de fortaleza que não deixou de ser contrariada de alguns". Para não ter questões com o Bispo que assumira a direção da Diocese um ano depois dele, mandou Diogo que se distraísse seis mil cruzados das fortificações em benefício de obras sacras.

Ainda assim não conseguiu evitar a fúria do Bispo contra desembargadores, contenda provocada entre o prelado e o procurador da Coroa, por causa de dois portugueses casados no reino e amancebados no Brasil com outras mulheres. Interviera desastradamente o prelado no caso, e encontrando resistência do funcionário, excomungou-o com grande escândalo da população. Amparou Diogo ao subordinado e as cousas se azedaram, julgando Fr. Vicente que aquilo significava a dissolução da cidade, ou da sociedade baiana como hoje diríamos. Outro grave indício, segundo o frade, foi arruinarem-se as casas em que morava o Governador, "de tal maneira que, se não as sustiveram com espeques, se vieram todas ao chão". O mais certo seria ele dizer, provir aquilo da falta de meios de administração