ausente e logo em seguida submetido a Conselho de Investigação, na cidade de Alagoas, como réu de desobediência e sedição, acusado de ter utilizado a tropa para se opor à transferência da Tesouraria para Maceió.

Na Corte, vinha tentar o major a justificação dos seus atos. Mal chegou, foi apresentar-se, a 20 de dezembro, ao Ministério da Guerra, sendo logo mandado recolher à Fortaleza de Villegaignon. Mas, a 9 de abril de 1840, foi mandado, preso, para a Província de Alagoas, a fim de responder ao Conselho de Guerra, com base no Conselho de Investigação realizado em sua ausência. Entretanto, sabendo de sua prisão na Corte, o presidente da Província decidira encaminhar os autos ao Ministério da Guerra, para que se procedesse ao julgamento no Rio. Quando o réu viajava para o Norte, os autos do processo viajavam para o Sul...

Por novo aviso, decidiu o Ministério da Guerra fazer voltar o major, sob prisão, para ser submetido ao julgamento do Conselho de Guerra a 22 de agosto de 1840. Nesse meio tempo, a política andara a trabalhar para suavizar os efeitos da repressão ao motim, cujas consequências tinham sido incruentas. A 6 de agosto de 1840, fora aprovada uma lei que perdoava os crimes de primeira e segunda deserção simples. O Conselho de Guerra, apegando-se a isso, declarou que não tinha o que julgar, pois que a deserção do major não seria levada em conta, em face daquela lei, e não era competente para tomar conhecimento do crime de sedição, da alçada do Conselho Supremo Militar. Levado o assunto ao conhecimento deste órgão, aprovou o mesmo a decisão do Conselho de Guerra e deliberou que o major Mendes da Fonseca devia responder a júri, pelo crime de sedição, na própria cidade de Alagoas.

Ora, na cidade de Alagoas, não haveria quem o considerasse culpado. Era, para todos, um herói, que obrigara o presidente a fugir como um poltrão. O júri o absolveu e o major Mendes da Fonseca logo fez extrair certidão do julgamento e folha corrida, mostrando que nenhuma outra acusação constava contra ele. Assim, por aviso do Ministério da Guerra, de 11 de setembro de 1840, foi mandado pôr em liberdade e reintegrado em seu posto.