Incompatibilizado com a política local, tivera de transferir-se para a Corte, com quase toda a família, - excetuados, apenas, os filhos internados, com grande sacrifício, em colégios da Bahia(*).Nota do Autor Uma vez no Rio de Janeiro, foi residir, com a família, à rua das Flôres n.° 11, casa 22, na Freguesia de Santana. Sua carreira militar encerrou-se a 11 de agosto de 1842, com a sua passagem para a 3ª classe do Exército na graduação de tenente-coronel.
No ano seguinte, Deodoro iniciaria a vida militar, seguindo o exemplo dos irmãos Hermes e Severiano, que já se encontravam nas fileiras. Apenas oito anos mais de existência teria o tenente-coronel Fonseca após o seu afastamento da caserna. As aventuras de rebelde de 1839 devem ter impressionado fortemente o menino Manuel Deodoro. A fuga do pai, a prisão, a angústia materna, as peripécias do julgamento, tudo isso marcou-lhe, decerto, o espírito infantil. Talvez encontremos aí, nas lembranças adormecidas, já um tanto difusas, do passado turbulento do pai, as razões psicológicas da indecisão de Deodoro, nos dias anteriores ao 15 de novembro, indecisão que muitos atribuem tão somente ao seu respeito e veneração pelo imperado. É possível que tais fossem também os seus sentimentos, mas a estes juntava-se a recordação do insucesso paterno, das humilhações por que passara o pai e do ambiente de drama no lar, só atenuado pela energia da verdadeira matriarca, que foi dona Rosa Maria Paulina da Fonseca.
O conhecimento da vida do tenente-coronel Manuel Mendes da Fonseca ajuda, sem dúvida, a compreensão da psicologia do filho ilustre e das hesitações de Deodoro, na hora historicamente decisiva para o Império como para a República.
Guarda o Museu Imperial, de Petrópolis, o original de uma petição, dirigida por Manuel Mendes da Fonseca ao imperador Pedro II, acompanhada das cartas de alguns credores que o perseguiam para que pagasse, com juros, velhas dívidas que ainda não pudera ressarcir. Uma das