Pouco mais poderia resistir a histórica praça esquecida havia muito pelo governo de Lisboa, se um novo acordo não viesse modificar a penosa situação. Foi ele o tratado de Santo Ildefonso, pelo qual se devolve a Portugal o território ocupado por Cevallos no Rio Grande, e mais a ilha de Santa Catarina que caíra às suas mãos sem resistência.
Mas por esse mesmo tratado, pela segunda vez a Colônia do Sacramento passa a ser espanhola. A sua guarnição portuguesa (luso-brasileira), que resistira brilhantemente ao sítio de Cevallos, entrega as fortalezas com lágrimas de sangue.
As Missões, como a Colônia, continuam a ser dos jesuítas espanhóis, subordinados, portanto, ao rei D. Carlos IV.
Essa situação perdura até 1801, ano em que, já sob a regência de D. João, nova guerra estala na Europa entre Portugal e Espanha.
Afirmam biógrafos do príncipe regente, depois D. João VI, que "a guerra de 1801 foi idealização de Bonaparte que se valia de Godoy (ministro de Espanha e mentor do rei Carlos) como de um lugar-tenente destacado junto dos reis espanhóis. E o que desejava Napoleão era fechar à Inglaterra os portos da Península".
Na América teve a guerra uma feição sui generis.
Governava o Rio Grande o Tenente-General Sebastião Xavier da Veiga Cabral. Assim que recebeu a notícia do rompimento, fez correr editais em que se pedia voluntários para iniciar a ação militar.
Graças ao patriotismo da gente do Sul e aos exemplos dados pelos homens de maior prestígio, entre os quais devem ser destacados o Coronel Manuel Marques de Sousa (pai do Conde de Porto Alegre), o Coronel Patrício Corrêa da Câmara (avô do visconde de Pelotas), um exército