A organização da capitania devia obedecer, nas transações com o governo-geral, às regras a que se subordinavam as outras de menos desenvolvimento. Nos Dialogos, explica Brandônio a Alviano a situação de Pernambuco perante a Bahia, no período próximo à guerra holandesa, sendo a segunda a "cabeça do Estado do Brasil... porque ahi lhe manda Sua Magestade ter o seu assento, posto que, de poucos annos a esta parte, se ha defraudado este mandato em grande maneira; porque se contentam mais os governadores de assistirem na capitania de Pernambuco, ou seja por tirarem della mais proveito ou por estarem ahi mais perto do Reino... Tambem é a Bahia séde da cadeira episcopal, aonde assiste o bispo na sua sé com conegos, cleresia e mais dignidades, pagados todos da fazenda de Sua Magestade... e da mesma maneira... a Relação, com muitos desembargadores, chanceller-mór dos defuntos, os quaes determinam e decidem as causas de todo o Estado do Brasil, com alçada em bens moveis até 3000 cruzados; porque passando da dita conta dão apeellação pera a Relação da cidade de Lisboa...

Verdade é que a Relação da Bahia se podera muito bem escusar, e dessa opinião fui eu sempre... porque, além de fazer essa casa muita despesa à fazenda de Sua Magestade, podendo reservar o dinheiro que com ella gasta pera outras cousas mais uteis pera seu serviço, ella não corresponde