Passado algum tempo, veio Diogo do Couto a saber que um pedreiro, chamado Silva, vira na residência de João Nunes quando lá trabalhava, um crucifixo colocado em "lugar indecente". Logo providenciou para que a testemunha fosse recolhida ao aljube, a fim de amedrontá-la, e apanhar-lhe declarações comprometedoras contra João Nunes. Mandou também que comparecessem à mesa do Santo Ofício os presentes aos dizeres do preso, para confrontar os depoimentos e apurar a verdade. Depois da prisão, também sem efeito, decorreram alguns anos, até surgir o Santo Ofício em Pernambuco. Do que se obteve então, nos interrogatórios procedidos com todo cuidado e isenção de ânimo, parece que havia por parte de João Nunes mais descaso pela imagem sagrada, do que intuito de conspurcá-la. Declarou Jorje de Almeida, que João Nunes, solteiro, cristão-novo, "mercador dos mais ricos de Pernãobuco", subornara o pedreiro para que se desdissesse. Outra testemunha foi mais longe, afirmou que o judeu subministrara peçonha ao Silva para livrar-se das suas declarações. Além desse crime, fora visto pelos habitantes de Olinda aparecer numa quinta-feira de endoenças "vestido todo de novo com jubão de cetim, e roupeta de gorgolado todo vestido de festa e gallante não sendo elle visto, nunca em outronenhum tempo com tal vestido... e que tanto que o virão... todos murmuravão muito