Faleceu a 29 de abril de 1930, em São Paulo. Usou, por vezes, dos pseudônimos AF, Satier e Adef.

Deixou o notável historiador imensa bagagem científica disseminada em inúmeros livros, conferências e comunicações feitas nas sessões do Instituto Histórico de S. Paulo, ao qual dedicou durante mais de vinte anos seu labor profícuo.

Rara era a sessão do Instituto em que o saudoso intelectual não apresentava novo trabalho elucidativo de problemas históricos obscuros e intrincados. De longos anos vinha ele desenvolvendo interessantíssimo programa de pesquisas úteis e bem-sucedidas.

"Um dos trabalhos mais notáveis do dr. Affonso A. de Freitas, e ao qual o seu nome ficará para sempre vinculado, foi o do descobrimento dos restos mortais do Padre Feijó, coroado de completo êxito em 1918, após demorados estudos nos arquivos e pacientes pesquisas no claustro do velho Convento de São Francisco, donde foram exumados os preciosos despojos", disse Couto de Magalhães.

O Parecer, de que foi relator, sobre a questão de limites entre São Paulo e Minas, que ocupa todo o volume 24 da Revista do Instituto Histórico de São Paulo, é um precioso trabalho decisivo do assunto.

Foi, no dizer do ministro Julio Cesar de Faria, "mestre na arte de arrancar dos documentos toda a essência de sua deposição e senhor dos segredos linguísticos do tupi-guarani".

Entre seus trabalhos inéditos, prontos para o prelo, contam-se: Vocabulario nheengatú vernaculizado pelo portuguez falado em São Paulo, Vocabulario do dialecto caauá, Termos e phrases angolezes e Elementos para um diccionario paulista, estudos da mais alta pesquisa glotológica.