com o ordenado anual de 200$000, além de 40$000 de mercê ordinária.
Empossado de sua prelazia, em data que não foi possível determinar, o administrador em setembro de 1553 estava de visita à capitania do Porto Seguro, como se vê do texto; anos depois passou a viver na capitania do Espírito Santo, malquisto do povo do Rio de Janeiro, isso depois de 1 de julho de 1591, porque nessa data assinou a provisão que inibia ao vigário da matriz de São Sebastião de intrometer-se nas eleições de provedor e mesários da Misericórdia, e naquele mesmo ano aprovava, no Espírito Santo, a escritura de doação da capela de Nossa Senhora da Penha, feita pela viúva do donatário D. Luiza Grinalda, com intervenção e consentimento das câmaras de Vila Velha e Vitória. A razão da malquerença não está elucidada. Segundo Pizarro – Memorias historicas do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro, 1820), p. 56, – "a seu heroísmo no empenho de reformar os sentimentos viciosos dos habitantes da província, de instruí-los nos deveres da religião católica, e de plantar em corações pouco dóceis a obediência aos preceitos do Evangelho, da Igreja", – seria mal recompensado, pelo que o administrador, "farto de procedimentos assaz ingratos, sacudiu o pó dos sapatos" e foi viver no Espírito Santo.
Balthazar da Silva Lisboa – Apontamentos para a historia eclesiastica do Rio de Janeiro (manuscrito do Instituto Histórico), atribui a indisposição dos habitantes do Rio de Janeiro contra o administrador a outro motivo, como fosse ocupar-se ele de mais das cousas externas da jurisdição civil, tomando contas das testamentárias, que até por direito das concordatas, em Portugal, só tomavam os prelados as dos meses de suas alternativas; procedendo por censuras eclesiásticas contra os que se negavam a receber as suas constituições, que lhe aumentavam os réditos, e a reconhecer a sua autoridade, que não era a de Jesus Cristo, mas de seu particular interesse.
Bartholomeu Simões Pereira viveu no Espírito Santo além de junho de 1597. Nesse mês esteve presente ao enterro de Anchieta, na casa de Santiago, que a Companhia tinha ali, e pregou nos funerais; foi quem primeiro o chamou "apóstolo do Brasil". – Simão de Vasconcellos – Vida do venerável padre Joseph de Anchieta