Sucedeu, no entanto, o contrário, e o dia da chegada foi por assim dizer o começo de uma série de atritos, que se avolumaram após a partida de Tomé de Sousa, até indiretamente causar a morte do irrequieto prelado.

Reinava, por sinal, alvoroço no povo quando chegou por sua vez D. Duarte da Costa à Bahia. A causa da inquietação vinha do Bispo e do seu visitador imporem rigorosas penas eclesiásticas, que ao depois remetiam por dinheiro, aparentemente na intenção de angariar meios necessários à diocese. O recurso proporcionara, entre outras coisas, a elevação da ermida de S. Pedro no caminho da Vila Velha, expediente porém não muito acertado, porquanto podia causar sérios distúrbios à paz da colônia. A situação logo desagradou ao fidalgo, e mais ainda ao filho que o acompanhava. Não se constrangeu D. Álvaro, militar com brilhante fé de ofício em África, a despeito de moço, em dizer sem rebuços a sua reprovação ao que julgava altamente reprovável, angariando com o reparo a imediata malquerença do prelado. Acrescia ainda, para o desassossego geral, a contenda surgida entre D. Pero e os padres jesuítas, naquele momento em pleno fastígio de popularidade e influência.

No princípio do convívio do Bispo com os elementos da Companhia de Jesus, escrevera Nóbrega para Portugal dizendo a boa impressão que lhe causara o antigo mestre de Teologia, geralmente considerado digno e virtuoso, e por esse motivo esforçava-se o Padre em tudo lhe obedecer, hospedando-o enquanto lhe preparavam as casas em que devia morar. Na missiva imediata mudava inteiramente de tom, narrando que D. Pero, chegado apenas há um mês, já se tornara insuportável. Daí por diante, o Bispo contrariava os jesuítas no que podia, e somente consentiu abrandar um pouco a poder de muita prudência