De novembro de 1580 aos primeiros dias de maio do ano seguinte, o Prior do Crato passou horas de amargura, homiziado na sua própria terra, mas com a proteção dos seus fiéis adeptos que, a despeito da prisão de muitos e da própria morte de outros, recusaram desvendar o paradeiro do seu príncipe; e em 10 de junho chegou, finalmente, ao exílio na Inglaterra, donde passou depois à França, sempre em busca de apoio para sua causa (14) Nota do Autor. Durante esse tempo muitos "legalistas" haviam-se inclinado para a causa dos Filipes e, entre eles, vários governadores e capitães ultramarinos que tinham aguardado o desfecho da luta e que já consideravam perdida a posição de D. Antônio. Uma espera demasiado longa no reconhecimento de Filipe II poderia ser tomada como atitude equívoca, e o novo monarca não perdoaria qualquer ato de rebeldia ao seu direito. Assim, com exceção de várias ilhas dos Açores, as restantes parcelas da Coroa acabaram, durante o ano de 1581, por abraçar a realeza de Filipe II.

Nas partes do Brasil a situação mantinha-se um tanto confusa, tanto mais que, a partir dos meados de 1581, a costa passou a ser rondada por naus francesas que procuravam impor a realeza de D. Antônio. Nos fins desse ano, do seu exílio em França, chegou a enviar mensagens às Câmaras do Brasil em que pedia que o aclamassem; mas as cartas foram levadas por uma nau arvorando o pavilhão francês e os mensageiros tiveram um acolhimento hostil, mormente no Rio de Janeiro, onde a artilharia de costa obrigou a nau a fazer-se ao largo (15) Nota do Autor.

Outros navios franceses tentaram fixar-se na costa, ao longo da primeira metade de 1582, o que não lhes era difícil visto o caminho do Brasil ser bem conhecido dos pilotos e mercadores desse reino. Entretanto, com o auxílio oficial da Rainha-mãe, Catarina de Médicis, preparou-se em França uma frota de socorro para a ilha Terceira, que teve como almirante o italiano Filipe Strozzi. Conhece-se a triste sorte dessa esquadra, nos mares de Vila Franca do Campo, onde foi derrotada pelo marquês de Santa Cruz, em 25 de julho de 1582. Em caso de vitória das forças do Prior do Crato — referem os historiadores, na linha de uma velha tradição — o Brasil viria a constituir a escala próxima da frota de Strozzi.