Os dois contratadores teriam de entregar cem mil ducados nos Armazéns reais, na presença de ministros que controlavam o recebimento, e igual quantia, em dinheiro de contado, na cidade do Salvador. O cumprimento do contrato era regulado, desde a matrícula dos oficiais, soldados e mais gente de guerra que haveria de seguir de Lisboa para a Bahia, até ao pagamento, em dinheiro ou fazenda, dos soldos que lhe eram devidos (89)Nota do Autor. Logo que as tropas chegassem ao Estado do Brasil, o Provedor-mor devia proceder à abertura de um livro com o registro dos homens presentes, a fim de se apurar os que haviam falecido na viagem; e o dito funcionário deveria enviar um traslado para Lisboa. Além do registro destes homens de guerra teria o Provedor que inscrever todos os oficiais e mais soldados que houvesse naquele Estado e a quem já tivesse prestado o soldo da Fazenda real, para se conhecer o encargo global a que a Coroa ficava sujeita.

No Regimento ordenava-se, também, que as gentes de guerra em serviço no Brasil formariam terços com os respectivos Mestres de Campo, inscrevendo-se o nome de cada homem de armas nos livros de matrícula, bem como o do Terço em que se achava integrado. E quando fosse o tempo de pagamento, deveriam juntar-se os Terços, na presença do Provedor-mor, fazendo-se a chamada dos oficiais e soldados, cada um pelo seu nome, para evitar qualquer tentativa de fraude. E era tão minucioso o Regimento que o parágrafo 19 rezava: "e dos que faltarem ou forem mortos em cada mostra geral se fará assento e bayxa do morto ou aulzente nos livros da matriculla". Não deveria, em qualquer caso, excetuando os doentes, fazer-se o pagamento das tropas por meio de livranças, porque dessa prática resultaria dano, não apenas para a Fazenda real, mas também para os próprios soldados.

Ficavam doravante proibidos de viajar para o reino, sem urna razão ponderosa, os oficiais e soldados que, sob pretexto de requerer mercê pelos serviços prestados, o costumavam fazer. O estado de guerra não permitia "semelhantes desordens", que prejudicavam a segurança da terra e deixavam esta sem defesa perante novos ataques. Uma licença especial seria necessária para qualquer homem de guerra se ausentar do Brasil;