À medida em que se acentuava o regalismo que atinge em Portugal um extremo Josefismo, sobretudo na época de Pombal,(4) Nota do Autor mais agudas se tornavam essas divergências. Os membros do clero não se conformavam com o ser apenas "curas de almas e administradores de sacramentos". Por esse aspecto, a Diocese de Mariana não diverge das demais.
Um outro grave problema, intimamente ligado ao da jurisdição, será o dos dízimos eclesiásticos. Os dízimos consistiam na décima parte "de todos os bens móveis licitamente adquiridos, devida a Deus e a seus Ministros por instituição divina e constituição humana".(5) Nota do Autor Nesses bens, estão também incluídos os minerais e as pedras preciosas, segundo Sebastião Monteiro da Vide.(6) Nota do Autor
D. Oscar de Oliveira, erudito pesquisador do assunto, diz que em toda a sua exaustiva procura nos Arquivos Vaticanos não encontrou Bula Papal que tivesse concedido explicitamente os dízimos das terras ultramarinas à Ordem de Cristo. Não há em Portugal cópia de tal Bula, de onde concluiu ser essa uma concessão implícita. Uma vez que, "à Ordem de Cristo pertencia a jurisdição dessas terras nullius dioecesis, bem como provisão e a dotação dos benefícios infraepiscopais, e a cura das almas, ipso fato, haveriam de pertencer-lhe também as rendas espirituais de tais regiões".(7) Nota do Autor Essa cobrança foi considerada legítima, pois não motivou protestos da parte dos eclesiásticos. A jurisdição e o padroado dos benefícios infraepiscopais sempre foram vistos como prerrogativas em que se incluía a cobrança dos dízimos nas terras ultramarinas. Com a criação do Bispado do Brasil não se modificou a situação, que continuou, com ligeiras alterações, até a República.
Não era ao Rei, como tal, que se pagavam os dízimos eclesiásticos, mas ao Rei na qualidade de Grão-Mestre da Ordem de Cristo. Aliás, os Alvarás, Ordens Régias e outras Leis, quando se referem ao assunto, não deixam de mencionar que é na qualidade de Grão-Mestre que o Soberano recolhe os dízimos em seus domínios. Mas a Coroa cobrava o dízimo tal como o fazia com os outros impostos. Confundia-se ele com as demais rendas do Estado.
