Na segunda expedição geográfica ao Xingu de Herman Meyer, em 1899, seguiram como botânicos o professor Roberto Pilger e Cristiano Teodoro Koch. Penetrando no Estado de Mato Grosso pelo rio Paraguai, internaram-se os botânicos alemães até às nascentes do rio Coliseu, através das cabeceiras dos rios Cuiabá, Paranatinga, Romuro, Jatobá e Batovi. Os fungos colhidos nessa expedição foram estudados por Hennings, as algas por Schmidte e os vegetais vasculares por Pilger, que descreveu um gênero, 43 espécies e 25 variedades novas para a ciência.

Em 1902 e 1903 Gustavo Anderson Malme, que fizera parte da primeira expedição Regnell, voltou ao Brasil, seguindo o mesmo itinerário da primeira expedição, desta vez para coligir exclusivamente vegetais vasculares, sendo os resultados desta segunda expedição Regnell em parte publicados ao mesmo tempo que os da primeira.

Em 1908 na comissão brasileira de limites Guillobel seguiu como farmacêutico o botânico Cesar Diogo que, diz A. Sampaio, "aproveitando momentos de lazer, coligiu importante material que ofereceu integralmente ao Museu Nacional, tendo herborizado nos vales dos rios Paraguai, Jauru, Verde e Guaporé e nas margens das Lagoas de Cáceres e Guaíra".