mandou ao Sul os padres João Lobato e Jeronymo Rodrigues, que entendiam e falavam bem a língua do país. Partiram os missionários de Santos e chegaram até a lagoa dos Patos. Do sucesso da missão escreveu o padre Rodrigues, em carta longa, datada de 26 de novembro de 1605, que Pierre du Jarric compendiou na Troisième partie de l'histoire des choses plus mémorables advenues tant aux Indes Orientales q'autres pais de la descouverte des Portugais (Bordeaux, 1614), p. 481-486.

Uma carta de Cardim, de 8 de maio de 1606, escrita da Bahia ao geral Claudio Acquaviva, dá conta dos testemunhos tirados juridicamente a favor da vida santa e feitos maravilhosos do padre Joseph de Anchieta, e do que no processo obrou o padre Pero Rodrigues que, por seu conselho, escreveu a vida do taumaturgo; vem publicada nos Annaes da Bibliotheca Nacional do Rio de Janeiro, v. XXIX (1907), p. 183 e 184, precedendo àquela hagiografia.

Em 1606, por sua ordem e com ajuda do governador Diogo Botelho, foram os padres Luis Figueira e Francisco Pinto encarregados da catequese dos índios do Ceará. Acompanhados de uma escolta de 60 índios cristãos, deixaram os padres o Recife em 20 de janeiro de 1607 e por mar chegaram ao porto de Jaguaribe, de onde, após curta demora, se dirigiram a pé para a serra da Ibiapaba. Funestos foram os resultados dessa missão pelo trucidamento do padre Pinto, em 11 de janeiro de 1608, às mãos dos tapuias tocarijus; o padre Figueira, para escapar à sanha dos bárbaros, foi forçado a tomar o rumo do litoral, depois de ter dado,