Consta que, mais tarde, o Coronel Church fez nova proposta ao Imperador do Brasil para a construção da estrada. O Sr. Mackie, que então representava o Coronel Church no Rio, disse que D. Pedro "mostrou-se bastante favorável a ela e muitas vezes me disse da grande admiração e confiança que nutria por aquele homem inquebrantável, mas o ambiente político era contrário a que qualquer estrangeiro construísse aquilo que os brasileiros consideravam como a chave do coração da América do Sul. A sombra da república já se projetava sobre o cenário político do Brasil, e, portanto, nada de positivo resultou."

Foi assim que, por muitos anos, o projeto da Madeira-Mamoré permaneceu em suspenso. As florestas produtoras de quinino, da Bolívia, já se exauriram, mas o comércio da goma elástica nos tributários do Amazonas tornou-se tão valioso, a ponto de levar um espanhol aventureiro a proclamar a existência do "Estado Independente do Acre", compreendendo territórios em disputa, situado entre os limites territoriais do Brasil, Bolívia e Peru, de extensão muito maior que toda a Nova Inglaterra.

A extinção dessa efêmera entidade quase acarretou um conflito sangrento entre as três nações contíguas, em disputa dos seringais que eram tudo quanto constituía a evanescente república. Felizmente a contenda foi dirimida com o tratado de Petrópolis, assinado em 1903 e ratificado no ano seguinte.

Pelos termos desse tratado, em compensação das concessões territoriais, o Brasil se comprometeu a construir a estrada de ferro Madeira-Mamoré, no prazo de quatro anos e pagar à Bolívia a importância