Naquele mesmo ano, em quatro de maio, ingressa na Ordem dos Frades Menores Capuchinhos, na província de São Carlos, tomando o nome de Frei Serafim de Gorízia.

Em conversa, referindo-se ele, na intimidade, às dificuldades da vocação, contava que "ao saber o Imperador da sua resolução, enviou ao convento do noviciado um médico para verificar se João Madon estava sofrendo das faculdades mentais, e, se assim fosse, com ordem de o tirar de lá e o tratar convenientemente". Ao médico responde Frei Serafim: "Agradeço penhorado os cuidados do Soberano, a quem dirá que estou gozando perfeita saúde e a paz, que só Deus sabe dar. Lamento, apenas, não ter conhecido antes este tesouro".

Aos 30 de maio de 1859 faz a profissão simples e, decorridos os três anos prescritos, em 31 de maio de 1862, a de votos solenes.

Aos 13 de janeiro de 1861 recebe, na cidade de Brescia, Lombardia, o presbiterato.

Por mandato do Reverendíssimo Ministro Geral da Ordem em 18 de maio, passa ao convento generalício de Trieste, sendo-lhe conferido o múnus da pregação nas línguas eslavas, alemã e italiana.

Abrasado de zelo pela causa de Deus, inicia, então, o seu ministério, pregando a divina palavra com grande eficácia, proveito e prazer das multidões que o ouviam.

Tal foi a fama e o renome que, em poucos anos, ganhou, quer pela sua exuberante eloquência, quer pelas virtudes evangélicas de que era eloquente exemplo, que o mesmo Geral da Ordem, com carta obediencial de 1868, o envia como pregador e confessor à província dos Capuchinhos da Stíria-Ilíria, ao Império da Áustria.

Neste posto de responsabilidade fica por alguns anos, desenvolvendo atividade admirável e tornando-se o apóstolo de todas as classes, pois tanto sabia descer à casa humilde