A identidade dos elementos básicos da cultura das tribos da floresta tropical e a padronização de organização dos aldeamentos permitiram que o reajustamento dos remanescentes indígenas se fizesse por um processo mais ou menos semelhante em todo o vale. O nivelamento das diferenças entre as várias sociedades tribais foi assim promovido pela difusão de uma linguagem comum e pelo controle exercido pelos missionários. Alguns sobrenaturais tupis tiveram sua importância acentuada pelos missionários que os identificaram a divindades cristãs. Tupã, um sobrenatural tupi, ligado ao trovão, tornou-se o equivalente do deus cristão, oposto a Jurupari, um ser da floresta, apontado como a personificação do Diabo.

Apesar da importância desses conceitos indígenas, a nova cultura regional que emergiu na Amazônia foi predominantemente orientada por ideias e por instituições lusas, modificando-se naquilo que exigiam as circunstâncias históricas e as peculiaridades do ambiente geográfico. Na Amazônia, o contato entre europeus e indígenas não resultou na adoção e assimilação gradual pelo índio de elementos culturais do Velho Mundo. Sociedades tribais desapareceram rapidamente, sendo sua população absorvida pelos centros coloniais. A cultura do aborígene influenciou a cultura mameluca que tomava forma, mas foi mantida a orientação pelo padrão europeu.

O sistema religioso que se desenvolveu como parte dessa cultura em formação teve seus elementos básicos no catolicismo ibérico do século XVI, acrescidos de outros, indígenas, principalmente tupis, modificados em sua amalgamação e desenvolvimento pelas condições particulares do vale amazônico. Circunstâncias históricas levaram uma forma de catolicismo ibérico a confrontar-se com uma religião indígena; a dominação