admitiram modificações no ritual católico de modo a torná-lo mais compreensível aos índios. Inovações como danças portuguesas, e sobretudo autos populares adaptados e incluindo ao lado dos santos personagens da mitologia e folclore indígena, eram representados nas missões. O culto dos santos, os festivais e as irmandades religiosas foram amplamente difundidos pelos padres. As crenças nativas, que persistiram entre os índios catequisados ou "domesticados", foram de certo modo padronizadas pela difusão de uma "língua-geral", o tupi-guarani.

Durante o período seguinte, que se poderia denominar de colonial, o controle secular e religioso dos missionários foi quebrado, e o poder da Igreja consideravelmente reduzido. Em muitos casos isso significou para um número de comunidades a ausência de uma direção organizada e centralizada. Foi provavelmente durante esse período que as irmandades tomaram a liderança da vida religiosa nas comunidades rurais mais isoladas e tornaram-se uma força integrativa e de coesão social. Muitas crenças aborígenes deixaram de ser exclusivamente do índio, adotadas que foram pelo mameluco. Nas áreas de controle mais efetivo pelos colonos portugueses, os índios desapareceram como etnia ou grupo cultural. E também cessou de existir a dualidade de religiões, a do índio catequisado ou "domesticado" e a do português. Surgiu uma forma local de catolicismo, a que estavam integradas ou fundidas algumas crenças ameríndias.

Durante o período de exploração comercial intensiva da borracha, o rápido aumento de população levou a modificações na estrutura de instituições como as irmandades religiosas, e ao mesmo tempo a maior facilidade e frequência de comunicações abriram caminho para influências mais acentuadas dos centros urbanos