do Colégio, por El-rei, não consta que se interrompessem os estudos das Letras Humanas ou Gramática, havendo quase sempre ambas as classes. Como exercícios escolares existiam as disputas semanais, aos sábados (sabatinas). As aulas, ao princípio, duravam duas horas de manhã e duas da tarde. Em 1579 quizeram introduzir meia hora a mais, de manhã e outra à tarde. Mas viu-se que não era prático em terra de tanto calor. Em 1586 determinava-se: "Nas aulas de latim, escrever e artes, se gastarão duas horas e meia de manhã e outro tanto, à tarde, começando no inverno às 8 e no verão às 7 horas. Para estimular os estudos haviam Academias correspondentes às aulas. Fariam parte delas os alunos de maiores esperanças, onde se recrutaram os professores. Num momento em que faltando professores, se pediam da Europa, respondera, de Roma (1584) que tratassem de prescindir da Europa, e se preparassem os futuros professores nestas academias literárias, que se deviam promover e amparar no Brasil.

No curso de Letras Humanas estudavam todos os clássicos, desde Ovídio a Horácio, e desde Demóstenes a Homero. Os mestres de estilo recomendados pelo Ratio Studiorum, eram Cícero e Virgílio. Grego não se estudou no Brasil, no século XVI. Em compensação havia o estudo da língua dos índios; e dela fez-se gramática e ensinou-se no Colégio. Depois do curso de Letras vinha o de Arte ou Ciências naturais como então se denominava o curso de filosofia, e abrangia a lógica, a física, a metafísica, a ética e a matemática. Curso de três anos. O curso começou em 1572. Porque escasseassem estudantes para este curso, para iniciar um triênio, esperava-se as vezes algum tempo até haver número bastante. Geralmente havia um curso de Artes, de quatro em quatro anos, e durava cada curso três anos e as vezes, quatro. Exigia-se, pelo menos, dez alunos. Facilitava-se, porém, os estudos dando licença para se suprimirem as glosas