Barra Falsa
Paralela a essa entrada principal, existe ainda uma outra situada ao fundo da baía, formada pela costa oeste da Ilha de Itaparica e continente fronteiro: chama-se Barra Falsa e é muito frequentada por pequenas etabarcações, que fazem o comércio costeiro entre a comarca de Ilhéus e a Capital. Essas embarcações podem evitar o mar alto, desde o Morro de São Paulo.
Para os navios de maior calado não tem o canal bastante profundidade, especialmente em sua entrada ao sul e no fundo da baía a nordeste.
Baixios
Entre a ponta norte de Itaparica, da Ilha dos Frades, situada também ao norte de Itaparica, nas embocaduras do Rio Sergipe d'El-Conde e do Paraguaçu, há lugares perigosos, entre os quais os Baixios d'Alva e Salamandra. Os rochedos próximos à Ilha do Medo gozam da pior fama.
Os perigos são tanto maiores, quanto mais considerável e rápida costuma ser na baía, a vazante, com os movimentos das águas, que se dirigem para o lado de leste da entrada principal.
A maré grande começa nas conjunções da lua, às 3 horas e 30 minutos e eleva-se de nove a dez pés.
O ancoradouro mais seguro está situado perto do Forte do Mar, para os grandes navios, a oeste, e para os menores, entre o Forte e a cidade. As maiores esquadras podem achar ao mesmo tempo ancoradouro e abrigo, tão espaçosa é essa parte da baía.
A sua importância ainda se torna maior para o Brasil, porque todos os portos e ancoradouros entre Bahia