Notabilíssima, a tarefa executada. No campo etnológico inspirou os novos estudos que hoje se concentram no Museu Nacional, dos métodos de análise aos resultados colhidos; amortalhou, piedoso, idioma, lendas, teogonia, folclore de uma tribo "pano" em via de desaparecimento o "caxinauá". A morte o levou em plena intensidade de novo esforço paralelo, quanto ao "bacaeri".
Na geografia, presidiu à revolução de nossos processos de investigação. A pretexto de traduzir grandes livros alemães como Wappaeus e Sellin, divulgou uma ciência inteiramente nova, e mais ampla e melhor do que a dos originais. A literatura geográfica deixava de ser amontoado estéril de nomes e de números, para se ostentar escrínio riquíssimo, manancial de formidável atividade biológica e humana ligada ao quadro material da criação. Foi antropogeógrafo, antes da própria invenção do nome. Todas as manifestações do espírito para isso confluíam, bem como todas as formas de ação intensa, das finanças aos climas, da medicina e da higiene às estatísticas de produção, dos movimentos demográficos à conquista da terra, do meneio agrícola às especulações filosóficas e científicas.
Antes de Capistrano, havia monografias históricas, crônicas mais ou menos interessantes, memórias e anais sem grande nexo e com escassa crítica, nem sempre objetiva, sem o devido aproveitamento do material existente.
Ao próprio Varnhagen, tão grande, entretanto, precursor em tanta coisa, não se pode hoje negar parcialidade nas conclusões, insuficiente aparelho crítico, dificuldades em averiguar suas fontes informantes, egoísmo incompreensível no partilhar seu saber. E, no entanto, é merecidamente conhecido como o grande Varnhagen.