As coleções de História Natural, que Liechtenstein considera como "as mais ricas que um navio jamais tenha transportado", foram conservadas em parte no museu privado de Nassau (a quem se devem possivelmente algumas das pinturas a óleo, feitas do natural), em parte distribuídas por duas Universidades e vários museus particulares, entre os quais o de Sebas. Eram tão ricas e variadas, que um século não seria suficiente para o seu estudo completo, tendo sido todo esse abundantíssimo material coligido, em sua maior parte, pelo próprio Marcgrave, que cuidadosamente etiquetara todas as peças por ele colhidas. Mais tarde viu o astrônomo Samuel Kechelius em Harlem uma caixa com quatro mil insetos do Brasil, todos por ele estudados.

A Historia rerum naturalium Brasiliae foi publicada quatro anos depois da morte de Marcgrave, graças aos cuidados de João de Laet, no mesmo in-folio que o tratado De Medicina Brasiliae de autoria de Pies.

O trabalho de coordenação dos manuscritos de Marcgrave foi tarefa das mais penosas e só a amizade e dedicação do seu protetor, o Prefeito da Companhia das Índias, tornariam possível levá-la a cabo de maneira satisfatória. Estavam quase todos escritos em caracteres secretos (circunstância que, na opinião de de De Crane, Daniel Veegens e Driesen, impediram a publicação da parte astronómica da sua Progymnastica mathematica americana, nunca convenientemente decifrada) e não raro sem ordem. Não era João de Laet um naturalista e aí estavam essas folhas soltas, cada animal, descrito em uma folha separada e não numerada, às vezes sem a figura que lhe correspondia e o mesmo acontecia com os vegetais, dos quais os ramos, os frutos, as flores eram tratados separadamente, ao acaso das observações, e que, se o não surpreendesse improvisa morte, seriam mais tarde coligidas em Holanda, nessa grande obra projetada,