comparada do Museu Nacional, o botânico Francisco Freire Alemão, chefe da seção de botânica do mesmo museu, O geólogo Guilherme Schucht de Capanema, chefe da seção de Mineralogia e, como médico, Manuel Freire Alemão. Durante dois anos reuniu a Comissão científica a bibliografia necessária, com um zelo e competência que demonstram bem o alto valor dos expedicionários. Os volumes mais preciosos da Biblioteca do Museu Nacional, que a fazem a mais rica do Brasil em zoologia e botânica, têm todos os carimbos da Comissão científica. Em 1859 partiram os expedicionários para o Ceará. Talvez pela excessiva demora em Fortaleza, houve certos desmandos por parte de alguns dos seus membros. Na Câmara dos Deputados um representante a chamou "Comissão defloradora", pedindo a sua extinção, e o historiador Melo Morais enche de remoques e impropérios os "comissionados das borboletas". Esta designação dada pelo sisudo Melo Morais mostra bem qual era nessa metade do século XIX a opinião sobre os naturalistas, mesmo entre os intelectuais: loucos, às vezes inofensivos, que cuidavam de coisas inúteis. Estranhando o estouvamento ou a leviandade de certos dos seus companheiros, "como resignada testemunha de um sem número de aflições e contrariedades", durante dois anos herboriza Freire Alemão no Ceará, tendo colhido cerca de vinte mil amostras de plantas, auxiliado em seu trabalho por seu sobrinho Manuel, mais interessado na parte médica. Se outro resultado não tivesse a Expedição brasileira, bastaria esse magnífico volume da Flora Cearense, publicado por Francisco Freire Alemão para compensar os dissabores sofridos. Temos ainda uma longa memória sobre as plantas medicinais, de autoria de Manuel Freire Alemão.

A expedição Agassiz não se preocupou com o estudo da nossa flora.