Portugal fazer arrefecer, por algum tempo, a ação dos franceses. Com a rápida evolução verificada no comércio e com as dificuldades que tinham os franceses de negociar com as praças do norte da Europa, devido ao constante estado de guerra, recrudesceu, porém, a sua atividade em relação à costa do Brasil. Foi enviada a Santa Cruz a expedição de Christovão Jacques, que aprisionou e destruiu várias naus francesas, com requintes de barbaria, segundo algumas crônicas da época. Avaliaram os franceses em 600 mil escudos, ou sejam, cerca de 136 mil contos atuais os prejuízos infligidos à economia francesa, com tal expedição (5).Nota do Autor
Martim Affonso de Souza
D. João III agia a um só tempo pela força e pela diplomacia. Enquanto Portugal conseguia que dos portos franceses do Atlântico não saíssem naus com rumo ao Brasil, de Marselha partiu a célebre nau "Pelerine", armada pelo próprio comandante da esquadra francesa no Mediterrâneo. Tomou essa nau a feitoria portuguesa existente em Pernambuco, ali instalando uma francesa. D. João III, estimulado pelas notícias das minas que os espanhóis iam descobrindo em suas colônias americanas e assustado com as novas que lhe chegavam de França, agravadas com a concessão de uma carta de corso ao célebre João Angô, mandou Martim Affonso de Souza estabelecer uma ocupação mais definida nas terras de Santa Cruz e fazer ali novas pesquisas quanto à possibilidade de metais preciosos.
Deduz-se das crônicas do tempo que foi principalmente devido às notícias que teve em Cananéia e São Vicente, da possibilidade da existência de ricas minas