Ciclo despovoador dos sertões
As bandeiras primitivas e de apresamento de índios tiveram início no próprio século XVI. Apontam-se como primeiros chefes: João Ramalho o capitão-mor Jeronymo Leitão, João do Prado e Affonso Sardinha. Este último mascarou suas investidas sob o pretexto do descobrimento de metais.
No século XVII é que avultaram tais expedições, com os seus períodos culminantes, na investida contra as missões jesuíticas (1628-1641) e nos seus últimos seis lustros.
Ainda que frequentemente figure nas atas da vereança municipal de Piratininga a notícia de partidas, a cata de metais e pedras preciosos, para acobertar as arremetidas ao sertão, não é menos verdadeiro que a busca das pedras coradas, do ouro e da prata, tivesse de fato influído poderosamente, diversas vezes, para tais cometimentos.
Em fins do século XVI e princípios do XVII, registra-se nesse sentido o interesse demonstrado por D. Francisco de Souza, governador geral do Brasil, em sua permanência em São Paulo, em visita às minerações de Affonso Sardinha, quando fomentou pesquisas e expedições exploradoras. Mais tarde, em 1609, voltou a São Paulo como governador das capitanias do sul, então desmembradas do governo geral da Bahia, com grandes poderes e grandes esperanças, infelizmente, porém, não confirmadas pelas explorações que promoveu.
D. Francisco de Souza exerceu papel capital na história paulista. Incentivou as extrações de Jaraguá, as explorações das minas de ferro de Araçoiaba, reiniciou o trabalho do ferro em Santo Amaro, estimulou a expedição das bandeiras exploradoras para o sertão.