Mas foi o que causou a sua ruína. Foi envolvido na desgraça de seu protetor, quando, em 1777 com a ascensão de D. Maria I, foi privado de todas as suas dignidades e expulso da Corte, enquanto se abandonava por completo o seu sistema. José Basílio teve que se demitir de seus empregos e entregar-se de novo aos caprichos da fortuna, que se comprazia em mandá-lo de um país a outro. Sentiu-se tão menos seguro em Lisboa, que não achou digno imitar os louvaminheiros do ministro tombado em desgraça que mudaram subitamente de tom e o cobriram de opróbrios; teve, ao contrário, a coragem de louvá-lo ainda e de agradecer, de público, os benefícios que lhe fizera.(98) Nota do Autor

Para cúmulo de desgraça, os jesuítas cujo prestígio agora subia, puseram-se a atacar o poema "Uraguai" que era dirigido contra a dominação deles na América e em veementes panfletos acusaram-no de ingratidão(99) Nota do Autor