em 1809, e que apareceram mais tarde nos anais destas entidades, (por ex. nos anos de 1813, 1815, 1818).

No entanto, os exércitos de Napoleão tinham invadido Portugal, expulsado a família real e ocupado o país. José Bonifácio uniu-se ao partido que se dispunha a repelir o usurpador pelas armas. Reuniu em Tomar onde então se encontrava, a juventude portuguesa, partiu com ela para Coimbra, onde os estudantes vieram reforçar sua tropa. Pôs-se à frente do batalhão e voou em auxílio do exército regular.

Depois da derrota dos franceses e da capitulação de Cintra, José Bonifácio foi nomeado intendente da polícia do Porto, e desempenhou-se destas funções tão difíceis de maneira a reprimir a exaltação dos partidos e reconciliá-los.

Mas depois da expulsão completa dos franceses, retirou-se em uma cidade perto de Coimbra e recomeçou seus estudos, principalmente os de Botânica. Em 1812, a Academia de Lisboa nomeou-o secretário. Ficou em Portugal até 1819, vendo sua glória sempre aumentar pelas numerosas memórias que publicou sobre os diversos ramos das Ciências Naturais e Agronomia. Então, sentiu um desejo violento de rever sua pátria e, a seu pedido, o governo dispensou-o, mantendo todas as suas dignidades.

Na província de São Paulo, sua terra natal, ocupou-se, de início, de trabalhos metalúrgicos e mandou às Academias de Paris e Berlim memórias escritas em francês e alemão sobre os novos minerais por ele descobertos e sobre as propriedades das diferentes espécies de ferro. Mas logo após os acontecimentos políticos que agitavam o Brasil acabaram por arrastá-lo, patriota ardente que era, fazendo relegar para plano inferior a Ciência.