Trocou então a vida aprazível do sábio pela existência tempestuosa do homem de partido. Como em Portugal, vemos em todos os momentos, nesta nova fase de sua vida, sua voz exercer a influência mais preponderante sobre a formação do império brasileiro.
A Constituinte de Lisboa persistiu em querer o retorno a Portugal do rei e do herdeiro ao trono. Persistia em seus decretos de 29 de setembro de 1821 pedir o restabelecimento do "status quo", anterior a 1808, sem levar em conta as circunstâncias produzidas pela elevação do Brasil à categoria de reino com os mesmos direitos que Portugal (1815) e pela permanência da corte nesse país. Logo se organizou no Brasil um partido disposto a resistir ao despotismo cego dos liberais portugueses. Esta facção que sustentava o sentimento nacional que vinha de se despertar e os justos desejos de emancipação que por toda a parte davam sinais de si na antiga colônia, atraiu invencivelmenIe a José Bonifácio.
Logo era nomeado vice-presidente da junta que se formou na província de São Paulo. Quando a 24 de dezembro de 1821, recebeu-se aqui a notícia das medidas tomadas pelas cortes para subjugar o Brasil, José Bonifácio reuniu em sua casa os membros da junta e induziu-os a solicitarem ao príncipe regente que se negasse a executar os decretos. Foi ele o encarregado da redação deste documento que foi assinado pela junta e mandado ao Rio de Janeiro. A província de Minas seguiu este exemplo e levantou-se em massa contra as decisões das cortes. O Rio de Janeiro pôs-se à frente do movimento e José Clemente Pereira, presidente do Senado da Câmara, pediu (a 2 de Janeiro de 1822) em nome de todo o povo ao príncipe regente que ficasse no país para bem de todos e felicidade geral da nação. Não se queria ainda proclamar a independência de Portugal, sendo a