Foi preso na fortaleza de Santa Cruz e mandado ao Havre a bordo de um navio francês, sem processo, sem julgamento e sem qualquer espécie de socorro.

Vimos na biografia de José Bonifácio de Andrada que este, então ministro, fez expiar a seus confrades Joaquim Gonçalves Ledo e José Clemente Pereira, o crime enorme para um homem de partido, de terem tido da liberdade uma concepção diversa da dele.

Mas depois de alguns meses de permanência em Paris, Januário soube que, em consequência dos processos intentados contra vários dos seus cidadãos, sua inocência acabava por ser reconhecida. Voltou em setembro de 1823 para o Havre, onde embarcou. Chegou ao Brasil em setembro, o espírito enriquecido de conhecimentos variados, cuja aquisição serviu para abrandar os rigores do exílio.

O Imperador D. Pedro I, acolheu-o com benevolência, nomeando-o em setembro de 1824, cônego da capela imperial.

Quando em maio de 1826 era convocado o primeiro parlamento brasileiro, Januário foi eleito pelo Rio de Janeiro e Minas Gerais. Optou pelo primeiro colégio, como lugar de seu nascimento.

Finalizado o mandato, confiou-se a Januário a redação do "Diário do Governo" e a direção da imprensa imperial. Mas como acreditasse dever defender neste jornal alguns atos do governo, capazes de desencadear uma revolução que poderia ter sido fatal à monarquia constitucional, suspeitou-se de seu liberalismo e teve que deixar o cargo, quando da abdicação do imperador. Em julho do mesmo ano, no entanto, o conselho de regência revestiu-o de novo de suas funções, esclarecido que ficou sobre os verdadeiros sentimentos de Januário.