Junqueira Freire canta, com uma simplicidade grandiosa, estas lutas com a vida e o remorso de ter falhado em sua vocação, a dor da desilusão numa poesia que lhe inspirou a visão de um jovem pronunciando, como ele, votos perpétos, sem considerar as consequências destes juramentos. É a peça intitulada "A profissão do frei João dos Mercês Ramos". A "Meditação" é tão interessante porque é bem sentida e sua expressão é simples. Ela invoca a razão contra o seu coração que vai partir-se, porém é cética e só Deus poderá defendê-lo deste defeito e não o abandonará mais.

Uma natureza tão ideal deveria ressentir-se tanto mais dos impactos da cólera, vendo abusar da fé em Deus e os que se chamavam os servidores do Todo Poderoso, entregando-se ao vício. Na poesia "Frei Bastos" castiga com o flagelo de Juvenal um padre que punha os seus talentos poéticos e oratórios a serviço de causas desonestas.

Junqueira Freire deixou manuscritos dois poemas: "O Padre Roma" incompleto, um drama "Frei Ambrósio" e finalmente um "Tratado de Eloquência Nacional".

Além destas obras, atribui-se ainda a nosso poeta um esforço a Chatterton, o "Hino da cabocla", que apareceu, a princípio, como produção inédita de Gregório de Matos na "Revista mineira". Mas logo se reconheceu que era uma obra do século XIX, ocasionada pelas revoluções de 1848, em França e em Pernambuco. Antônio Joaquim de Macedo Soares, que a publicou em suas "Harmonias Brasileiras" (S. Paulo, 1859), mostrou que era muito provavelmente obra de Junqueira Freire.

Era, com efeito, idealista em política e confessava-se partidário da república e do socialismo.