Natterer, valiosas coleções de zoologia e SeIlow, ossadas fósseis por ele encontradas nas margens do Uruguai. Desse modo começou com ótimos resultados o exemplo de fazer donativos ao Museu. Belos diamantes e amostra de bismuto chegaram do Serro, em Minas. De Goiás vieram pérolas encontradas numa lagoa daquela província, Pedro I arrematou em hasta pública cinco múmias e alguns objetos etnográficos do Egito e de tudo isto fez presente ao Museu. Esta valiosa coleção destinava-se à República Argentina e tinha sido encomendada pelo governo de D. Emanuel Rosas. Mas quando esses objetos lá chegaram, Rosas já tinha deixado o poder e o seu sucessor não quis sustentar os compromissos assumidos pelo ex-governador. Do Pará e das ilhas do Pacífico chegaram vários objetos etnográficos. Foram iniciadas as permutas com os países estrangeiros. Para a coleção mineralógica do Príncipe Real da Dinamarca foram enviados, como dádiva de Pedro I, vários produtos do Brasil. O Museu de Berlim recebeu uma coleção de 17 caixotes de minérios.

Caldeira tinha o intuito de dividir em seções o serviço do Museu e fundar cursos públicos. Essa louvável iniciativa, entretanto, não pôde ser levada a efeito porque ao terminar o ano de 1827, o Dr. João da Silveira Caldeira deixava o cargo de diretor do Museu Nacional. Assumiu a direção do Museu por decreto de 25 de janeiro de 1828, frei Custódio Alves Serrão. Custódio Serrão era um grande homem. Foi durante muito tempo professor catedrático de física e química da Escola militar. Quando assumiu a direção do Museu tinha o plano de fazer deste estabelecimento uma casa de ciência que doutrinasse e fornecesse elementos de trabalho para os estudos técnicos. A concessão de tal plano não agradou ao governo, porque a sua execução